A Autoridade Europeia para a Segurança dos Alimentos (EFSA) é uma agência da UE que fornece uma fonte imparcial de aconselhamento científico aos gestores de riscos (Comissão Europeia e Estados-Membros). A EFSA recolhe e analisa a investigação e os dados existentes fornecidos pelos Estados-Membros ou pelos operadores do sector alimentar. Como princípio básico, a legislação alimentar da UE baseia-se na análise de risco fornecida pela AESA [Legislação Alimentar Geral, Regulamento (CE) n.º 178/2002, artigo 5.] Ao desenvolver novas medidas, os gestores de riscos podem também ter em conta outros factores legítimos (sociais, económicos, ambientais) e o princípio da precaução. Em 2021, foi adotado um novo regulamento [(UE) 2019/1381] para melhorar a transparência do trabalho da EFSA e ajudar a manter a confiança do público no organismo.

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Muitas leis da UE são regulamentos que são diretamente aplicáveis nos Estados-Membros da UE. Algumas leis são diretivas, que só entram em vigor quando são incorporadas (ou transpostas) para a legislação nacional do Estado-Membro. Uma diretiva estabelece um objetivo que todos os países da UE devem atingir, mas cabe a cada Estado-Membro desenvolver a sua própria legislação para atingir esses objectivos. Uma diretiva estabelece um prazo para os Estados-Membros adoptarem a legislação nacional. A diretiva relativa aos plásticos de utilização única é um exemplo recente de uma lei que está a ser transposta para as legislações nacionais. Este facto pode conduzir a regras diferentes nos Estados-Membros da UE.

Alguns regulamentos de importação da UE requerem a ação das administrações nacionais do país exportador. Por exemplo, antes de as empresas poderem exportar carne, peixe e produtos de origem animal de um determinado país, as autoridades devem cumprir determinados requisitos e fornecer informações à Comissão, a fim de serem incluídas numa lista de países terceiros autorizados a exportar esses produtos.

A legislação básica da UE deve ser objeto de acordo do Conselho da UE e do Parlamento Europeu, um processo conhecido como processo legislativo ordinário. Após a adoção de uma proposta pela Comissão Europeia, este processo de consulta e de obtenção de um acordo entre as três instituições pode demorar 12-18 meses, mas em muitos casos dura muito mais tempo (ver o vídeo da UE Como é que as propostas se tornam legislação da UE?) A legislação de base da UE proporciona o quadro jurídico no âmbito do qual podem ser desenvolvidas regras mais pormenorizadas e elaboradas através de actos delegados e de execução.

Na União Europeia, o Conselho de Ministros e o Parlamento Europeu são responsáveis pela adoção de legislação. No entanto, podem delegar na Comissão o poder de adotar actos delegados. A Comissão pode assim atuar de forma rápida e flexível, recorrendo aos seus conhecimentos técnicos. Os actos delegados complementam ou alteram a legislação de base da UE, mas não podem ir além do âmbito da legislação. A Comissão adopta os actos delegados após consulta dos peritos nacionais e das partes interessadas. Os actos delegados são então apresentados ao Conselho e ao Parlamento, que não podem alterar os actos, mas que, em determinadas condições, os podem vetar.

Os Estados-Membros são responsáveis pela aplicação das diretivas e regulamentos da UE. Por vezes, são necessários outros actos para garantir uma aplicação uniforme destas diretivas e regulamentos. Estes actos conferem à Comissão poderes para adotar actos de execução. A Comissão apresenta projectos de actos a comités constituídos por representantes dos Estados-Membros (designados por "comitologia"). O Parlamento Europeu e o Conselho de Ministros dispõem de um direito de controlo sobre os actos de execução.

Embora o Tratado de Lisboa, que reorganizou as competências das instituições da UE, tenha entrado em vigor em 2009, continua a existir um debate entre estas instituições sobre as competências de execução e delegadas da Comissão relativamente a actos legislativos específicos. Por conseguinte, nalguns casos, as competências continuam a ser as que se aplicavam antes do Tratado de Lisboa, caso em que se utiliza a expressão "regulamento da Comissão" em vez de "regulamento delegado/de execução da Comissão".

O Sistema de Alerta Rápido para os Géneros Alimentícios e Alimentos para Animais (RASFF) foi criado para permitir o rápido intercâmbio de informações entre os Estados-Membros da UE sobre os riscos para a saúde pública relacionados com a cadeia alimentar. Com base nas informações partilhadas, os produtos podem ser potencialmente retirados do mercado com o objetivo de evitar riscos para a segurança alimentar antes de causarem danos. Apenas os Estados-Membros têm acesso aos pormenores dos casos individuais de risco alimentar que são notificados ao RASFF. No entanto, é possível ao público ter acesso a informações resumidas através da base de dados de notificação RASFF Window.